Starší workshopy
říjen 2009
14.10.2009 11:01
V říjnovém workshopu nám Natálie Martínková povídala na téma: Výpočetní genomika aneb jak bylo na kurzu genomiky ve Varšavě.
Zhruba 5% veškerých informací na netu představují sekvence DNA. Většina z nich je anotována slovy jako predicted, hypothetical, putative, similar to. Anotace totiž nejsou z...
—————
květen 2009
15.05.2009 13:55
BEST = Bayesian Estimation of Species Tree. Metoda pro hledání "species tree" na datasetu z více lokusů. Metoda využívá Bayesovské metody hledání, program pro analýzu BEST je vlastně takovým vylepšeným MrBayesem. Více viz. prezentace z workshopu.
Prezentace ke stažení zde:
BEST_1.ppt (1,4...
—————
duben 2009
08.05.2009 17:47
Tématem workshopu bylo jak pomocí koalescenčních simulací rozlišit mezi neuplným sortovánim linií a genovým tokem, jak odhadnout dobu divergence mezi druhy a efektivní velikosti populace či míru mezidruhové introgrese. Dále pak novinky z workshopu Molecular Evolution pořádaném v Cambridge....
—————
březen 2009
11.03.2009 11:55
Tentokrát byla tématem populační genetika po bayesianské revoluci: model-based clustering (přechod od frekvencí alel v populacích k individuálním genotypům, detekce kryptické populační struktury, admixture versus non-admixture models, spatial models, tesselation, programy Geneland, BAPS, Structure,...
—————
únor 2009
23.02.2009 12:38
V únorovém workshopu nám učastníci Workshop on Molecular Evolution (Vašek Gvoždík, Pavel Hulva a Zuzka Musilová) řekli něco o novinkách ve fylogenetice a o metodách, které se na workshopu naučili. Ukazovali jsme si program na alignment SeeView, který umožňuje alignovat pouze vybraný úsek z celého...
—————
leden 2009
30.01.2009 08:58
V lednovém workshopu nám Natálie Martínková povídala o různých přistupech k molekulárnímu datováni a představila také tři nejpoužívanější programy: Beast, r8s a Multidivtime. Prezentaci o datování naleznete zde a jako další čtení doporučuje následující články:
o programu BEAST
Koepfli et al....
—————
prosinec 2008
23.12.2008 17:07
V prosincovém workshopu nám Ivan Čepicka řekl o programu SlowFaster, který slouží k vyhledavaní rychle mutujících useků v sekvencích a pomáhá snížit riziko long branch attraction (vice zde) a Zuzka Musilová se podělila o zkušenosti s fylogenetickými sítěmi a používáním programu SplitsTree.
—————
listopad 2008
29.11.2008 11:14
V listopadovém workshopu nám Vašek Gvoždík představil program jMODELTEST: phylogenetic model averaging.
—————
říjen 2008
07.10.2008 14:28
V úvodním Journal Clubu jsme si povidali o článcích:
NAIARA RODRÍGUEZ-EZPELETA, H.BRINKMANN, B. ROURE, N. LARTILLOT, B. F. LANG and HERVÉ P. (2007) Detecting and Overcoming Systematic Errors in Genome-Scale Phylogenies. Syst. Biol. 56(3):389–399
Loytynoja A, Goldman N (2008) Phylogeny-aware gap...
—————
červen 2008
06.09.2008 17:23
Alignment na několik způsobů:-) Zůza S. připravila pěknou prezentaci.
—————