únor 2009

V únorovém workshopu nám učastníci Workshop on Molecular Evolution (Vašek Gvoždík, Pavel Hulva a Zuzka Musilová) řekli něco o novinkách ve fylogenetice a o metodách, které se na workshopu naučili. Ukazovali jsme si program na alignment SeeView, který umožňuje alignovat pouze vybraný úsek z celého datasetu nebo imlementovat jiné alignovací algorimy (např. MAFT). Pavel předstvil metodu na odhadování demografické historie populací "Skyline plots". Více o tomto tématu je možné nastudovat z prezentace A. Rambauta, kterou na workshopu v Krumlově přednesl. Vašek pak ukázal program GARLI (genetic algorithm for rapid likelihood inference), který je rychlou alternativou k výpočtu fylogenetických stromů metodou maximal likelihood.