Okénko Nové programy
BEST - Bayesian Estimation of Species Trees
18.05.2009 17:39
www.stat.osu.edu/~dkp/BEST/
Informace a download prográmku pro Bayesovské hledání nejlepšího "Species Tree". Více informací a prezentace o BESTu najdete v květnovém (2009) workshopu!
—————
Programy na molekulární datování
30.01.2009 09:23
Programy na molekulární datování jsou například Beast, r8s nebo Multidivtime. Více o těchto programech a mnoho dalšího naleznete ve workshopu z ledna 2009.
—————
Concatenator
03.12.2008 11:26
Concatenator je programek umožňující jak převod dat na jiné formáty tak především sjednocování více sekvencí (např. různých genů) do jedno souboru (matice). Vytvoří vstupní soubory pro PAUP* a MrBayes i příkazy pro provedeni partition homogeneity testu. Více informací v článku Pina-Martins F. and...
—————
Dendroscope
28.10.2008 14:53
Skvělý program na zobrazování stromů. Stromy lze editovat a ukládat v různých formátech. Více na stránkách programu.
—————
FABOX - skvělý toolbox:-)
18.09.2008 19:09
https://www.birc.au.dk/fabox/
—————
Geneious - práce se sekvencemi - "nový" bioedit?
18.09.2008 19:06
https://www.geneious.com/
—————
Readseq - program na změnu formátu sekvencí, atd.
18.09.2008 19:03
https://www.ebi.ac.uk/cgi-bin/reads
lze to dělat i on-line...
—————
AWTY - Are We There Yet? Pro MrBayes a počet generací
18.09.2008 18:40
https://king2.scs.fsu.edu/CEBProjects/awty/awty_start.php
—————
Tracer - grafické znázornění řetězců z MrBayes
18.09.2008 18:36
Tracer is a program for analysing the trace files generated by Bayesian MCMC runs (that is, the continuous parameter values sampled from the chain). It can be used to analyse runs of BEAST, MrBayes, LAMARC and possibly other MCMC programs.
https://tree.bio.ed.ac.uk/software/tracer/
—————
FigTree - zobrazuje stromy (alternativa k TreeView)
18.09.2008 18:34
FigTree is designed as a graphical viewer of phylogenetic trees and as a program for producing publication-ready figures. As with most of my programs, it was written for my own needs so may not be as polished and feature-complete as a commericial program. In particular it is designed to...
—————