Návod na běh Modeltestu

1) stáhnout modeltest z internetu
2) do složky, kde mám soubor XXXX.nex, který chci analyzovat, zkopíruju modelblockPAUPb10.txt z adresáře Modeltestu
3) otevřu PAUP a načtu XXXX.nex
4) napsat příkaz: default lscores longftm=yes (náprava nějakého bugu z PAUPovský stránky; ale funguje to i bez toho…)
5) příkaz (stále PAUP): execute modelblockPAUPb10
6) běží cca 5 - 30 minut
7) výstupem file model.scores – je nutné ho přejmenovat na jakýkoliv název XYXY.scores
8) překopírovat  XYXY.scores do adresáře Modeltestu (adresář BIN)
9) otevřu Modeltest pomocí příkazového řádku Windows („spustit“ a napsat cmd), příkazy "cd.." (o adresář výše) a "cd jmenoadresare" dojet až do adresáře BIN v Modeltestu, v něm je XYXY.scores a Modeltest3.7win.exe
10) příkaz v modeltestu: modeltest3.7win.exe < XYXY.scores> XYXY (= output file)
11) otevřít output v notepadu. Vykopírovat řádek mezi BEGIN PAUP a END (bez BEGIN a END), použít to jako nastavení parametrů výpočtů pro likelihood analýzu v PAUPu (lset…), tzn. vložit a odklepnout jako příkaz v PAUPovském řádku (čti dole), popř. ho vložit za nexus (v tom případě i s BEGIN PAUP a END)
12) otevřít PAUP, načíst nexus
13) zadat: set criterion=likelihood
14) vložit „lset …“ z modeltestu (viz výše)
15) potom už jenom hsearch (popř.  addseq=random a další příkazy pro likelihood)
16) teď už se počítá likelihood (den a více:-) dle nastavených parametrů