Archiv článků
říjen 2009
14.10.2009 11:01
V říjnovém workshopu nám Natálie Martínková povídala na téma: Výpočetní genomika aneb jak bylo na kurzu genomiky ve Varšavě.
Zhruba 5% veškerých informací na netu představují sekvence DNA. Většina z nich je anotována slovy jako predicted, hypothetical, putative, similar to. Anotace totiž nejsou z...
—————
BEST - Bayesian Estimation of Species Trees
18.05.2009 17:39
www.stat.osu.edu/~dkp/BEST/
Informace a download prográmku pro Bayesovské hledání nejlepšího "Species Tree". Více informací a prezentace o BESTu najdete v květnovém (2009) workshopu!
—————
květen 2009
15.05.2009 13:55
BEST = Bayesian Estimation of Species Tree. Metoda pro hledání "species tree" na datasetu z více lokusů. Metoda využívá Bayesovské metody hledání, program pro analýzu BEST je vlastně takovým vylepšeným MrBayesem. Více viz. prezentace z workshopu.
Prezentace ke stažení zde:
BEST_1.ppt (1,4...
—————
Genetické metody v zoologii
08.05.2009 18:03
Na stránkách praktika k této přednášce lze najít užitečné prezentace a další odkazy.
—————
duben 2009
08.05.2009 17:47
Tématem workshopu bylo jak pomocí koalescenčních simulací rozlišit mezi neuplným sortovánim linií a genovým tokem, jak odhadnout dobu divergence mezi druhy a efektivní velikosti populace či míru mezidruhové introgrese. Dále pak novinky z workshopu Molecular Evolution pořádaném v Cambridge....
—————
návody pro základní fylogenetické analýzy a více
21.03.2009 22:15
Na stránkách Praktika z molekulární taxonomie Vládi Hampla je možné najít spoustu užitečných návodů a rad od práce se sekvencemi přes nejrůznější testy až po fylogenetické analýzy.
—————
březen 2009
11.03.2009 11:55
Tentokrát byla tématem populační genetika po bayesianské revoluci: model-based clustering (přechod od frekvencí alel v populacích k individuálním genotypům, detekce kryptické populační struktury, admixture versus non-admixture models, spatial models, tesselation, programy Geneland, BAPS, Structure,...
—————
únor 2009
23.02.2009 12:38
V únorovém workshopu nám učastníci Workshop on Molecular Evolution (Vašek Gvoždík, Pavel Hulva a Zuzka Musilová) řekli něco o novinkách ve fylogenetice a o metodách, které se na workshopu naučili. Ukazovali jsme si program na alignment SeeView, který umožňuje alignovat pouze vybraný úsek z celého...
—————
Programy na molekulární datování
30.01.2009 09:23
Programy na molekulární datování jsou například Beast, r8s nebo Multidivtime. Více o těchto programech a mnoho dalšího naleznete ve workshopu z ledna 2009.
—————
leden 2009
30.01.2009 08:58
V lednovém workshopu nám Natálie Martínková povídala o různých přistupech k molekulárnímu datováni a představila také tři nejpoužívanější programy: Beast, r8s a Multidivtime. Prezentaci o datování naleznete zde a jako další čtení doporučuje následující články:
o programu BEAST
Koepfli et al....
—————